Su último descenso de categoría se produjo en la temporada 2015-16, regresando al año siguiente como campeón de la Segunda División. El club fue uno de los miembros fundadores de la Premier League en 1992. Tras la salida de Reid, el Manchester City decayó, ya que pasó tres temporadas peleando por no descender a la segunda categoría -ahora llamada First Division, algo que finalmente se concretó en 1996. El Manchester City cayó al punto más bajo de su historia al descender a la tercera categoría del fútbol inglés en la temporada 1997-1998 -llamada, desde 1992, Second Division- siendo el segundo equipo con títulos europeos en descender a esta categoría, después de que en Alemania se concretara unos años antes el descenso de 1. FC Magdeburg. En la primera temporada bajo las órdenes de Mercer, el club terminó la temporada de la Second Division como campeón, y realizó una fuerte inversión en jugadores como Mike Summerbee y Colin Bell.
Para la siguiente temporada, es contratado Kevin Keegan como nuevo entrenador, y el equipo lograría ascender como campeón obteniendo 99 puntos y 108 goles a favor durante la temporada, logrando el ascenso inmediato. Sin embargo, esto no se vería reflejado en la fase de grupos de la UEFA Champions League 2020-2021, donde conseguiría 16 puntos de 18, y manteniendo la portería a cero en cinco de los seis partidos. El primer partido que se disputó entre estos dos equipos fue en 1893 en la FA Cup, con victoria del Middlesbrough por 3-2. En total, han llegado a disputar hasta 129 encuentros (la mayoría en la Premier League) con un total de 51 victorias para el Newcastle, 38 empates y 40 victorias para el Middlesbrough, con el Newcastle como claro dominador. David Ginola, exjugador de la selección francesa, ejerce como presentador de esta gala. El exjugador del United Denis Law anotó con el talón para el triunfo 0-1 del City y confirmar el descenso del Manchester United. Manchester City – Camiseta de fútbol oficial del F.C. La nave de Manchester (85 %) que aparece en los tres escudos anteriores del Club. En 1887 el club se traslada a un nuevo campo en Hyde Road (antes un vertedero) y pasó a llamarse Ardwick A.F.C para reflejar su nueva localización.
Sin embargo, el Manchester City todavía tiene el récord del partido de fútbol inglés con mayor asistencia, 84.569 fanáticos llenaron Maine Road para una eliminatoria de la FA Cup, en la sexta ronda contra Stoke City en 1934 (el City ganó la FA Cup esa temporada). Un incendio en Hyde Road en 1920 destruyó la grada principal, por lo que en 1923 el club se trasladó a su nuevo estadio Maine Road. Un largo período de declive siguió al éxito de los años 1960 y 1970. Malcolm Allison se reincorporó al club para convertirse en gerente, por segunda vez en 1979, pero desperdició grandes sumas de dinero en fichajes fallidos, como el Steve Daley. El equipo de Guardiola terminó la temporada batiendo numerosos récords en la historia de la competición, como puntos, victorias, goles a favor y diferencia de goles. En la temporada 2013-2014 se fichó como entrenador a Manuel Pellegrini. El City acabó la temporada en quinta posición de la Premier League, clasificándose para disputar la Copa de la UEFA (renombrada ahora como Liga Europea de la UEFA). Copa de la UEFA.
Por último, no logran renovar ni el título de la Premier League ni el de la FA Cup, y el 15 de agosto de 2020 caen en cuartos de final de la UEFA Champions League. La réplica de la camiseta del Manchester City es una de las más cara entre los equipos de la Premier League inglesa. Se encuentra en el octavo lugar en la tabla de todos los tiempos de la FA Premier League y tienen la novena cifra más alta de los principales honores ganados por un club de Inglés con 11 victorias. En la temporada 2003-04, el club se trasladó al Estadio Ciudad de Mánchester, inaugurado en verano en un amistoso frente al FC Barcelona. La temporada 2002-03 fue la última que se jugaría en Maine Road, que incluyó una victoria de 3-1 ante sus rivales del Manchester United, poniendo fin a una racha de 13 años sin ganar. Además se resalta la victoria en Anfield ante el Liverpool por un marcado de 1-4, donde el City cortaría la racha negativa luego de más de 17 años sin ganar en ese estadio, gracias a un doblete de Ilkay Gundogan, y goles de Raheem Sterling y Phil Foden, llegando a tener una ventaja de 14 puntos a principios del mes de marzo.
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