Durante los meses sin fútbol por la pandemia de Covid-19, se recuperó de la lesión, de modo que cuando se reanudó el fútbol en Sudamérica, volvió a jugar. A uno de ellos se le permitió el ingreso con la cartulina de la solicitud y se llevó el buzo gris, el de un partido que Dibu seguramente preferirá olvidar. En febrero de 2015 y luego de 8 años, volvió a marcar en La Bombonera frente a Olimpo de penal en un partido que terminó 3-1 a favor de Boca Juniors. Vuelve como titular en el final de la primera mitad del torneo de Primera División, en el encuentro que Boca Juniors disputaría como visitante frente a San Lorenzo. A posteriori, se consagraría campeón del Campeonato de Primera División, siendo además el capitán del equipo luego de la partida de Tévez. El club dirigido por Fernando Roig ofrece 3 millones de euros por el capitán valencianista, pero la operación debe esperar a que se cierre la venta de Godín al Atlético de Madrid por 18 millones. El capitán madridista abandona de forma gratuita, al igual que Guti, el que fue su club durante 16 temporadas para probar el sabor de la Bundesliga alemana.
Ya recuperado, el 27 de octubre jugó de titular ante el Athletic Club. Sus constantes lesiones y la preferencia de Mourinho por Xabi Alonso, Sami Khedira y, en ocasiones Lassana Diarra, evitaron que tuviera continuidad en la temporada, jugando tan solo un partido como titular. Su primer partido de titular sería el 19 de septiembre jugando 70 minutos en el empate sin goles frente a Deportivo Alavés. El 17 de septiembre de 2008, al minuto 35 de un encuentro por la Liga de Campeones de la UEFA ante el BATE Borisov, sufrió un desgarro en el músculo bíceps femoral izquierdo que lo alejó de las canchas un mes. Mientras tanto, el campeón de Liga pone todas sus esperanzas en la vuelta de Cesc Fabregas. Actualmente desde octubre de 2021 dirige a Racing Club de La Liga Profesional de Fútbol Argentino. Luego de rescindir contrato con Boca Juniors, el 18 de junio de 2019 se anunció su llegada a préstamo sin cargo y sin opción, con contrato por productividad al Club Atlético Vélez Sarsfield. En 2013 la prensa publicó un supuesto deseo del jugador de volver a recalar en Boca Juniors, pero el argentino tuvo que aclarar que nunca quiso irse del Valencia.
Luego de que el préstamo de 6 meses con Vélez finalizara el jugador debió volver a Valencia, donde no se entrenaba debido a una licencia por paternidad. Gago, que se lo vio completamente recuperado de su lesión. La temporada 2009-10 fue irregular para Gago, ya que con Lassana Diarra y Xabi Alonso fue relegado a la suplencia. Gonzalo Higuaín que militaba en River Plate. Sin embargo no se había oficializado el fichaje de ninguno ya que había rechazado una oferta por Higuaín valorada en diez millones de euros. Fernando Gago se recuperó de su dura lesión con una buena pretemporada con el club de La Ribera, el 27 de enero de 2016 volvió a jugar con la camiseta de Boca Juniors en un amistoso de verano ante Estudiantes de la Plata que fue derrota por 2-0 y jugó 35 minutos. El 14 de marzo de 2019 Gago rescindió su contrato de común acuerdo con Boca Juniors y dio por terminada su carrera con el club. Al comienzo de la temporada 2008-09, Gago solo jugó dos partidos. “Lo bueno que tenemos es que nuestros jugadores ya tienen muchos partidos a nivel internacional y eso nos va a permitir manejar tiempos.
El ganador de los dos premios se conocerá el próximo 27 de febrero en la gala que se llevará a cabo en París con la presencia del presidente Gianni Infantino, dirigentes, jugadores y demás personalidades del fútbol. Su técnica entre los jugadores del puesto hizo que pronto ganara la titularidad relegando a Raúl Cascini. Junto a Raúl y Guti, los blancos también han dicho adiós a Metzelder y al técnico Pellegrini, una operación salida que ha forzado a Florentino Pérez a rascarse el bolsillo en 4 refuerzos. No obstante la rotura de ligamentos de la rodilla derecha, en ocasión de jugar para la Selección nacional, limitó en gran medida sus posibilidades de participar, mucho menos de ser titular, por lo que la capitanía pasó a manos de Pablo Pérez. Lo que sí están claras son las salidas. Los futbolistas son soldados políticos del Führer. Doble jugada de peligro del Madrid! Sin embargo, el 1 de junio de 2012 volvió a ser jugador del Real Madrid tras haber expirado su contrato con la entidad romana y que estos no ejercieran la opción de compra.