La temporada 2002-03 fue la última que se jugaría en Maine Road, que incluyó una victoria de 3-1 ante sus rivales del Manchester United, poniendo fin a una racha de 13 años sin ganar. El club fue uno de los miembros fundadores de la Premier League en 1992. Tras la salida de Reid, el Manchester City decayó, ya que pasó tres temporadas peleando por no descender a la segunda categoría -ahora llamada First Division, algo que finalmente se concretó en 1996. El Manchester City cayó al punto más bajo de su historia al descender a la tercera categoría del fútbol inglés en la temporada 1997-1998 -llamada, desde 1992, Second Division- siendo el segundo equipo con títulos europeos en descender a esta categoría, después de que en Alemania se concretara unos años antes el descenso de 1. FC Magdeburg. El Ardwick se unió a la Liga de Fútbol inglesa como miembros fundadores de la Second Division en 1892. Finalmente, problemas financieros en la temporada 1893-1894 le llevaron a realizar una completa reestructuración que afectó a todos los aspectos de la institución, pasando así a llamarse Manchester City Football Club. El exentrenador de la selección inglesa de fútbol, Sven-Göran Eriksson se convirtió en el primer extranjero en dirigir al club, al ser contratado en 2007. Un año después, en julio de 2008, el sueco fue despedido y reemplazado por Mark Hughes.
Esta teoría de Allison resultó ser correcta, ya que el club consiguió ganar la FA Cup en 1969 y un doblete en la temporada 1969-1970, coronando la Copa de la Liga y la Recopa de Europa. Luego del empate a principios de diciembre con el recién ascendido West Bromwich Albion, el equipo dirigido por Pep Guardiola, comenzaría una racha de 21 partidos ganados de forma consecutiva, con victorias contundentes ante el Arsenal, Chelsea y Tottenham Hotspur, entre otros, siendo la más destacada de todas las victorias en semifinales de la Copa de la Liga de Inglaterra 2021 contra el rival de ciudad, el Manchester United, por un marcador de 0-2, con goles del central inglés John Stones, y del mediocampista brasileño Fernandinho. Además se resalta la victoria en Anfield ante el Liverpool por un marcado de 1-4, donde el City cortaría la racha negativa luego de más de 17 años sin ganar en ese estadio, gracias a un doblete de Ilkay Gundogan, y goles de Raheem Sterling y Phil Foden, llegando a tener una ventaja de 14 puntos a principios del mes de marzo. Como colofón a la temporada, el equipo logra su cuarto título de campeón de la Premier League en la última jornada, tras recortar 6 puntos de ventaja al Liverpool.
El 15 de abril de 2018, se proclama campeón de la Premier League 2017-18 terminando con 32 victorias,4 empates y solo 2 derrotas. Su carácter tempestuoso lo exportó a la Premier. Estando ya en segunda división, un segundo ascenso consecutivo vio al club ascender a la Premier League, pero esto resultó haber sido un paso demasiado apresurado para la estabilización del club, y en consecuencia, en 2001, el club volvió a descender a la segunda categoría. Pese a esto, el Manchester City seguiría con una racha irregular en la Premier League, empatando contra los recién ascendidos Leeds United y West Bromwich Albion y el campeón vigente Liverpool, y derrotas contra un Tottenham Hotspur de Jose Mourinho enrachado. El City acabó la temporada en quinta posición de la Premier League, clasificándose para disputar la Copa de la UEFA (renombrada ahora como Liga Europea de la UEFA). El 25 de febrero de 2018, los citizens lograron su primer título en la era Guardiola al mando del equipo, donde se coronaron campeones de la Copa de la Liga de Inglaterra 2017-18 después de derrotar 3-0 al Arsenal. El último título de esta época de éxito fue en 1976, al derrotar a Newcastle United 2-1 en la final de la Copa de la Liga.
Sin embargo, el 1 de septiembre de 2008, Abu Dhabi United Group for Development and Investment, un grupo inversor de Emiratos Árabes Unidos (EAU), con Sulaiman Al-Fahim como parte visible del grupo, y con Mansour bin Zayed Al-Nahyan como máximo accionista, se hizo con el control del club por 250 millones de euros. El máximo goleador de la historia del club es Alan Shearer quien desde 1996 hasta su retirada en 2006 anotó un total de 206 goles, y es también el máximo goleador de la historia de la Premier League desde que se fundó en 1992, camisetas manchester city y es considerado como uno de los mejores delanteros del fútbol europeo y mundial. El Manchester City Football Club es un club de fútbol de Mánchester, Inglaterra que juega en la Premier League. Sin embargo, lo que terminó desbaratando definitivamente el negocio entre Ashley y el fondo de Arabia Saudita fue una advertencia de BeinSports (la poseedora de los derechos de transmison de la Premier League a nivel internacional), quien determinó el peligro de permitir la inversión de bin Salmán en el fútbol inglés, puesto que este había permitido que los partidos de la Premier League se emitieran de forma ilegal en el país a través de una plataforma pirata.