No fue sino hasta el Torneo Apertura 2009 cuando Javier comenzó a sobresalir en su equipo, terminando como el tercer máximo goleador del torneo, al haber anotado 11 goles en 17 partidos, equipacion manchester city convirtiéndose en un jugador titular del Guadalajara. Más tarde ese día, se anunció que los entrenadores del primer equipo Stuart Gray y Guy Whittingham se harían cargo del equipo, la salida de Cotterill permitió a varios jugadores omitidos por el, un regreso al primer equipo, camiseta manchester city 2023 como Dave Kitson y Ricardo Rocha en una victoria en casa 2-0 contra el Barnsley.
