El objetivo era la permanencia pero poco a poco el equipo se encaramaba a las primeras posiciones. En la temporada 1999-2000 el objetivo era ascender de categoría. El Cartagonova tuvo el ascenso en su mano, le bastaba un empate en un doble enfrentamiento con el Córdoba Club de Fútbol pero perdió los dos encuentros. Al final quedó segundo encuadrado en el grupo III de 2.ª B y jugó la liguilla de ascenso a Segunda división.
