El único «gran trofeo» del Exeter City fue el Fourth Division Championship, ganado en 1990. En esa temporada, el Exeter City ganó 20 partidos de liga en St James Park y permaneció invicto en 31 partidos en casa. Como novedad, en la parte del cuello y de las mangas se ha añadido un toque dorado. También en esa década el club se implicó en la lucha contra la droga, organizando diversos partidos en colaboración con la Fundación de Ayuda contra la Droga, cuyos beneficios se destinaron al Proyecto Hombre.
