Por eso, Boca Juniors comenzó las gestiones para repatriar al volante. Posterior a eso, volvería a enfrentarse a Boca en la nueva Supercopa Internacional, partido que volvería a ganar 2-1 en los últimos minutos, obteniendo su segundo título tanto en Racing como en su carrera como DT. En abril de 2016, convierte su primer gol internacional con Boca Juniors contra el Bolívar, por la Copa Libertadores 2016. Sin embargo, las lesiones volverían a aparecer en su carrera. El 14 de marzo de 2019 Gago rescindió su contrato de común acuerdo con Boca Juniors y dio por terminada su carrera con el club. Debutó profesionalmente el 4 de diciembre de 2004, en Boca Juniors y se retiró el 10 de noviembre de 2020 en Vélez Sarsfield. El 10 de noviembre de 2020, después de haber disputado un partido contra Huracán, rescinde su contrato con Vélez y se retira del fútbol profesional a la edad de 34 años. El 27 de noviembre de 2013, el futbolista ganaría el Alumni de Oro como mejor deportista del año. El mediocampista se decidió por la vuelta a su país teniendo en cuenta que el director técnico del Valencia, Ernesto Valverde, le comunicó días antes que no sería tenido en cuenta.
“El técnico de la selección no puede dormir. Finalmente el traspaso fue aprobado el 19 de diciembre de 2006, por una cantidad de 27,7 millones de dólares siendo el traspaso más caro en la historia de Boca Juniors y el segundo en la historia del fútbol argentino solo por detrás de su compañero en la selección argentina Sergio Agüero. En la pretemporada 2011-12, fue alistado en la lista de cinco jugadores descartados para la campaña, junto con Pedro León, Sergio Canales, Lassana Diarra y Royston Drenthe. Tuvo una destacada actuación con la selección sub-20 que salió campeona en el Mundial disputado en los Países Bajos en 2005. Entre sus compañeros se encontraban entre otros Óscar Ustari, Lionel Messi, Sergio Agüero y Neri Cardozo. Hubo varios jugadores involucrados, pero eligieron a uno y creo que podrían haber sancionado a otros. En su presentación, el 1 de febrero, declaró haber elegido a Vélez por la «seriedad con la que viene trabajando hace años. El partido arrancará antes del pitido inicial, en torno a las 18:45 horas en la calle Sagrados Corazones, donde se volverá a vivir la conocida y multitudinaria ‘busiana’ que buscará anotar el primer gol. Carles Puyol, ex jugador del F.C.
Paul Pogba, jugador francés a sus compañeros antes de iniciar el partido ante Argentina de octavos de final del Mundial de Rusia 2018: “Hoy acabaremos con ellos. El 9 de diciembre de 2018, jugando la final de la Copa Libertadores 2018 en el estadio Santiago Bernabéu, Gago sufrió una desafortunada lesión, otra vez el tendón de Aquiles, esta vez el derecho, a los 11 minutos del segundo tiempo suplementario (en ese momento el partido lo perdía Boca 2 a 1). No pudo continuar sobre el campo (había reemplazado a un agotado Pablo Pérez), por lo que Boca quedó con nueve jugadores para disputar los últimos minutos tras la expulsión de Barrios. 31 de mayo de 2012, con opción a compra a final de temporada. El jueves 19 de julio de 2012, Gago llegó por la noche a Valencia para firmar su contrato por 4 años con el club. Con Fonbet acaba de firmar este mismo mes de enero y con KOK Sports, el pasado mes de julio.
El 17 de septiembre de 2008, al minuto 35 de un encuentro por la Liga de Campeones de la UEFA ante el BATE Borisov, sufrió un desgarro en el músculo bíceps femoral izquierdo que lo alejó de las canchas un mes. Luego de que el préstamo de 6 meses con Vélez finalizara el jugador debió volver a Valencia, donde no se entrenaba debido a una licencia por paternidad. En 2013 la prensa publicó un supuesto deseo del jugador de volver a recalar en Boca Juniors, pero el argentino tuvo que aclarar que nunca quiso irse del Valencia. “Si quieres ganar un partido fuera de casa en la mejor liga del mundo tu portero no puede conceder dos goles como lo he hecho yo en el día de hoy… Fue presentado al día siguiente en Mestalla. Tras una buena racha, que incluyó cuatro títulos y cinco finales en nueve años, Liverpool tuvo que esperar dos décadas hasta volver al escenario principal continental. Al secretario técnico le dijeron que en Brasil esperaba un centrocampista defensivo a buen precio, con ganas de jugar en Europa y que ya había debutado, con sólo 19 años, en la absoluta.